A la fin de la saison de l'Egypte, yugi se duellit contre yami et gagne ensuite yami rentre chez lui et yugi et ses amis restent seuls, c'est la fin de yugioh. Après vient yugioh gx. yugi et kaiba deviennent les légendes de duel de monstres. Kaiba construit une académie de duel déstinée à former les duellistes de la nouvelle génération. Le premier épisode commence avec un garçon nommé Jaden qui court pour arriver à temps à son examen d'entrée à l'académie. En route il tomponne yugi et ses cartes tombent par terre. Il s'agenoullit pour les ramasser et en se levant yugi lui donne une carte et lui dit qu'elle lui va très bien. C'est "Kuriboh Ailé". Ensuite jaden arrive en retard à l'examen et il se voit obligé d'affronter Dr.Crowler: un prof complètement cinglé de l'académie. Il le bat et entre à l'académie dans le dortoir "Slifer Red". Pendant l'année scolaire il affronte beaucoup de duellistes dont: Chazz Princeton: l'arrogant qui se prend pour le maitre des jeux; Alexis Rhods: la meilleure duelliste fille de l'académie; Bastien Misawa l'instein qui a les meilleures notes lors des examens écrits; et enfin Zane Truesdale: le number one de l'académie.
Il perd contre lui la première fois mais leur 2éme duel à la fin de l'année finit par une égalité. C'était vraiment le duel de l'année