La 2ème année à la Duel Academy commence. Dr Sheppard n'est plus là et dr.Crowler le remplace; quant au poste de vice principal c'est un petit homme tout drole qui l'occupe: il s'appelle Bonaparte ( Napoléon ). Autre chose: Aster Phoenix ,la star de la Pro League, s'est inscrit à l'academy en première année suivant les ordres de son manager "Satorius" qui est un voyant bizzar et sinistre qui causera bien des problèmes à l'academy et sera en quelque sorte le méchant de cette saison. Aster sera embettant au début et causera beaucoup de soucis surtout à Jaden et à Zane mais ensuite , quand il comprendra que Storius ne faisait que l'utiliser, il deviendra leur ami. Zane quant à lui prendra une défaite lamentable contre Aster et se transformera en Hell-Kaiser-Ryo après un Underground Duel.
Un autre évènement très important de cette année est "le GX Tournament". Sheppard reviendra à l'academy après avoir invité quelques uns des plus grands duelllistes du monde à ce tournoi exeptionnel qui aura lieu à la Duel Academy. Tous les élèves de l'academy auront le droit de participer à ce tournoi sans oublier les duellistes de la Pro League dont Aster Phoenix et Hell Kaiser (Zane). Il y aura aussi un certain prince qui battra ses adversaires en 1 tour et Satorius qui battra ce prince avant mème que son premier tour n'arrive. On appellera ça le "Zero Turn Kill". Le gagnant de ce tournoi sera Chazz Princeton.